馆藏简介
现有馆藏档案329个全宗，341174卷。其中历史档案49个全宗，212717卷，革命历史档案4个全宗，1704卷，建国后档案276个全宗，126753卷。馆藏资料26648册，图书14325册。
历史档案
1．国民党南京市政府的档案共39314卷，分抗日战争前和抗日战争胜利后两部分。主要有市政府及其组成部门、直属机构的档案全宗。
2．汪伪南京特别市政府的档案共10794卷，包括日军入侵南京初期网罗汉奸组织的“南京市自治委员会”、维新政府时期的“督办南京市政公署”和汪伪“南京特别市政府”三个时期的档案。主要有记载日本侵略军制造的南京大屠杀惨案、慈善团体掩埋尸体的文书记录，日本帝国主义和汉奸政府相互勾结镇压中国人民、进行疯狂经济掠夺，对我国人民施行奴化教育、进行反动宣传的档案。
3． 孙中山先生陵园管理处档案共1807卷。从1925年起至1949年4月止，记载有孙中山先生逝世前疾病情况、逝世后的筹备安葬、陵墓建设、移灵奉安、陵园管理、纪念活动、人事安排、经费开支、会议记录、来往文书等档案史料，还有安葬廖仲恺、邓演达、谭延闿、范鸿仙、阵亡将士的档案等。
司法档案
司法档案共149578卷，主要有国民党和汪伪首都地方法院、高等法院、特刑庭等机构形成的大量的政治、民事、刑事案件档案，其中有审判汉奸的重要档案，如审判周佛海、丁默村、梅思平、周作人、周学昌等人的审讯笔录、口供、起诉书、判决书、调查旁证等档案。
事业档案
社团、企事业单位的档案共6470卷，有南京市商会、工业会、同业公会、公私银行、自来水公司、汽车公司、工厂、公私立中小学、公私立医院、海关等机构的档案。其中有在中国民族工商业中有重要地位的江南汽车公司、永利亚厂等单位的档案。
